其次，对独资企业双重收税问题没有解决。根据我国《企业所得税暂行条例》，个人独资企业所得税应按33%的税率缴纳企业所得税，个人独资企业的投资人应从企业的收益中按20%的比例提取缴纳个人所得税，对此不合理的双重征税情况目前尚没有明确的解决办法。

第三，资源配置问题凸现。《个人独资企业法》为研究人员提供了较好的操作平台，为更多产品走向市场提供了较好的通道，但是在另一方面，容易造成社会资源配置的低效率，因为注册率很高，往往会带来较高的企业破产率，这已为许多西方国家的实际经验所证实。

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