大约在300万年前，原始大熊猫的食谱结构从肉食发展为以竹为食，“侏儒型”大熊猫出现。当时温热潮湿的环境适合竹林的生长，从而促使大熊猫种群出现了第一次扩张。大约在70万年前，大熊猫种群数量开始下降，到30万年前左右，出现了第一次瓶颈。

　　这是因为在此期间，中国出现了两次巨大的更新世冰川作用，寒冷的气候变化导致体形庞大的巴氏大熊猫替代了“侏儒型”大熊猫。在倒数第二次冰期之后，大熊猫的种群数量又出现了第二次扩张，并且在5万年前到3万年前达到顶峰，其间大湖期温热的气候可能对大熊猫的繁盛起到很大作用，而这一时期高山针叶林是适宜熊猫栖息的环境。

　　在末次冰期最盛期，由于严重的高山冰川作用、气候寒冷、黄土沉积，导致大量的熊猫栖息地丧失，从而给其种群造成了第二次瓶颈。

侏儒型熊猫

　　大约在30万年前，熊猫种群分化成为秦岭和非秦岭两支。而模拟结果显示，在4万年前左右，非秦岭种群扩张了三倍，而秦岭种群则下降了80%。其后，非秦岭种群数量逐渐减少，而秦岭种群则渐趋稳定。大约在2800年前，非秦岭种群分化成两个分支，即岷山熊猫和邛崃山-大小相岭-凉山熊猫，形成了如当前稳定的三个遗传系。

　　在对秦岭熊猫的进一步分析中，相比于自然环境，研究人员指出人类活动对其造成的影响更为严重。在我国从春秋时期的农业变革和林地开垦，到汉唐时期的砍伐森林修建宫室和以熊猫为娱乐及外交策略，无不对其生境和种群造成严重影响。

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