魏新认为，在那个年代，无论是知识分子还是商人，实际上都是在一条前人未曾走过的路上孤独地探索。在北大计算机科学技术研究所和北大新技术公司联手迅速创造出商业奇迹后，王选参考美国公司研发机制的经验，即提出要“建立高校、科学院与企业的联合经济实体”，以解决计算所和公司之间在转让费、科研管理和人才使用等方面的分歧。如此，1992年，北大方正集团正式成立。三年后，北大计算所与方正集团联合成立方正技术研究院。看上去，方正式的产学研体制取得了进一步深化发展。但以后的事实证明，在这个由多方力量联姻、搭织而成的方正家庭内，市场与研究、商业与技术的矛盾来得比一般的高科技企业更加猛烈而不可调和。比如早期，计算所作研发的费用都是由国家出，一结合之后，钱就要由方正集团出，这导致研发人员和市场经营人员之间产生了大大小小的矛盾。“王老师实际上没有真正介入经营管理，但是技术是他直接管理的，这里面肯定是有矛盾的。他和当年管经营的领导，基本认识是一致的，都是要向研发投入，只是投多投少的问题，王老师希望多投一点。”魏新说。

　　从某种意义上，这些矛盾与冲突并非是方正内部个人的恩怨与冲突，他们触摸到的是在不成熟的产学研合作体制和不成熟的公司治理下的深层次痛苦。曾被视作完美搭档的王选与方正总裁张玉峰后来的分手，也许只是这种体制下内在矛盾的具象化而已。在经过1999年著名的“逼宫”事件后，王选和张玉峰双双退出了方正权力中心，张玉峰更是彻底告别方正。研究所内化于企业带来的内耗与冲突，这正是导致王选、魏新等人最近两年来开始思考要不要将研究所重新独立于方正、再度“放养”于北大的原因之一。

　　在王选逝世当天，对王选、张玉峰、张旋龙等方正人物有过多次采访的IT记者刘韧，在他博客里写下一段话：“从科学到技术再到企业，王选用方正完成了他的科学商业化尝试……此时，我最想知道的是，作为王选的合作者、合作破裂者张玉峰的真实感受。两个强人本可以将方正举得更高，两个强人都尽了最大的努力互相妥协，问题究竟出在哪里？”

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