研究所实行所长负责制。与现代企业比较，公司的决策机构是股东会，执行机构是董事会，经营者是总经理。如果说，所长是研究所的经营者，则决策者缺位。如果说所长既是研究所的经营者又是决策者，则所有权与经营权集一人之身，一方面容易造成权利失控，另一方面可能导致遇事报批，造成效率低下。研究所管理创新的首要问题是建立决策机构，完善决策机制。可以由院国有资产管理部门授权成立研究所的决策机构(所有者代表)―理事会，实施理事会领导下的所长负责制。

 研究所是以高学历、高智力的知识分子为核心，配以管理和辅助人员构成的特殊单位，研究所管理创新的核心问题是完善以人为本的管理体系。随着近几年新老交替和人员分流的演变，青年科技人员的比例逐年增大，青年科研人员已成为研究所的主力。最大程度地激发科研人员尤其是青年科技人员的创新潜能是管理创新的本质所在。科研人员对事业的追求，促使研究所的领导者和管理者把创建世界一流研究所和满足国家战略需求、经济建设需求作为所的发展目标。中科院的知识创新工程，为各研究所提供了十分难得的发展机遇，充分把握机遇，准确定位，坚持有所为，有所不为，迅速崛起，是研究所实施可持续发展的基础，也是留住人才的重要因素。

 科研人员从事的工作有别于其它类型的工作，具有知识集成、学科集成的特点，有继承性更有创新性。研究所的管理应该适应这种特点，适应这种特点形成的文化，实施以柔性管理为主的管理，以利于充分发挥人的主观能动性和创造性。当然，任何群体都离不开以规章制度为特征的刚性管理。要建立科学的人才评价系统，充分体现人才的价值，按照党的十六大精神，改革现有的分配制度。长期以来，研究所科研人员的待遇直接与职务和职称相关，近几年为了调动青年科研人员的积极性和对应地提高他们的待遇，许多青年人在三十岁前已晋升为研究员，那么后三十年如何激励和评价，他们的发展空间何在。我们应该建立以绩效为核心的人才评价体系和激励机制，配以创新文化建设，营造一个和谐、有序的工作环境，有利于人才的脱颖而出、有利于科学的创新发展。要鼓励人才的合理流动，但这类流动应该有别于一刀切的缩编式分流。流动应该有助于学科创新，有助于跨学科的交流。

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