胡锦涛为总书记的党中央提出“以人为本，全面发展、协调发展、可持续发展”的科学发展观是全面建设小康社会和实现现代化的根本指导方针，也是思考管理创新的基本出发点。

我国已开始了以社会主义市场经济为目标的经济体制改革，确立了公有制为主体、多种所有制经济共同发展的基本经济制度，确定了按劳分配为主、多种分配方式并存的分配结构。党的十六大进一步提出了全面建设小康社会的战略目标。为了适应经济和社会发展对科技进步的需要，科技体制正在朝着建立适应社会主义市场经济发展，符合科技自身发展规律和市场经济运行规律，科技与经济紧密结合的新体制方向深化改革。中国科学院以国家知识创新工程试点为契机，通过对所属研究所重新学科战略定位，实施分流、精干和战略重组的策略，在原有的基础上重建国家级的研究基地。

历史的原因，一批七十年代出生的青年优秀科技工作者被推上了研究所的领导岗位。上岗伊始，转轨时期社会变革引出的种种新情况、新问题就随之而来。机遇、挑战和责任成为新生代研究所领导的特征。一方面，现行的运行机制和管理模式尚需熟悉，另一方面不断变换的外部环境要求不断完善、创新和变革。自觉地以马克思主义唯物辩证法和唯物史观指导自己的全部工作，把它作为最根本的领导方法，深刻领会和贯彻“三个代表”重要思想，树立科学发展观，在实施管理的过程中探索管理机制创新是研究所管理者的必由之路。

经济体制改革前，我国长期实行国家高度集权的“国有国营”模式，企业是国家机关的附属物，企业负责人是国家委派的官员，企业的管理体系基本上参照政府机构。经济体制改革后，企业负责人转变为法定代表人。而企业则转变为适合市场经济的“以其全部法人财产，依法自主经营，自负盈亏”的法人。研究所作为事业单位，由于经济体制的转变已不同于原来计划经济意义上的事业单位，但也不同于《公司法》范畴的现代企业。收入来源的多元性，一定程度上影响着研究所的管理体系和运行机制。国家财政拨款一方面给研究所带来较为稳定的经济支撑，同时也继续给研究所留下深深的计划经济的痕迹。与此相反，研究所在通过参与市场竞争，获取另一部分收入的同时，也开始并愈来愈多地体验着市场经济的洗礼(经济合同、质量体系、产品许可证、人力资源的市场价位等)。研究所的所长，一方面需要自主经营，但又不具有真正意义上的资产处置权和分配权(股东会缺位)。九十年代末，由于国家对科研投入的不足，许多研究所创办了大大小小的企业，研究所的所长不仅仅是研究所的行政领导，还是投资企业的出资人和法定代表人。研究所现行的分配制度大体上是参照公务员政策执行的，收入与职务、职级相关。院提出的三元工资结构有其合理性，但在具体操作上缺乏财务的政策依据。不同资金来源政策许可列支的人员成本比例的不同，直接影响科研人员的分配。上述种种迹象折现出经济体制转轨时期研究所的特征。

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